对植物根系：生根，养根、壮根。有益菌分泌物质刺激根系迅速生长，对根系有修复和再生的功能，减少沤根，烂根，促进根系发达，使植株健壮，叶片肥厚，叶色浓绿，花色鲜艳，提高植物成活率。提高肥料利用率：制造和协调农作物吸收营养。微生物菌剂里的有益微生物把土壤中植物不可溶的磷钾钙镁锌等释放游离出来供植物吸收，相当于在植物根系建立了营养库。产生的微量元素刺激根系生长，极大提高了肥料利用率。调节土壤，没有伤害：降解硝酸盐和农药残留，修复土壤，提高农产品品质。微生物的生命活动降低硝酸盐及农药残留，调节PH值，增加氨基酸、糖分、维生素等含量。科学研究发现，没有有机质，就没有肥沃的土壤。内蒙古功能性微生物菌剂技术指导
用得早，用得足，次数多。微生物菌剂到根际需要与其它的微生物竞争营养和位置等，因此，要做到先声夺人，才能取得更好的效果。建议从底肥(生长早期）就开始施用，不要随意减量，并且在一个生长季至少施用2-3次。
2、 采用正确的施用方式：可采用拌种、浸种、蘸根、灌根、穴施、沟施、喷施、滴灌、撒施等方式。浸拌种、蘸根等方式早期效果突出，要达到更好的效果，还需要结合土施的方式，尤其结合灌根、穴施、滴灌等方式效果比较更好。
西藏经济型微生物菌剂制造商有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
定植穴施或沟施
穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。
微生物菌剂
为什么穴施效果比较好？作物的生长离不开营养，而作物叶片光合作用供给的营养只占很少一部分，大部分的营养供给都是来自于作物的根系吸收。所以保证根系的生长及根系周围土壤环境健康是十分有必要的。只有保证了根系周围土壤环境营养丰富，有机质充足，就能保证根系很好地生长，为作物提供全生长周期的营养需求。混拌底肥、有机质旋耕进土下
若靠前次使用微生物菌剂，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。
这是为什么呢？因为长期使用化肥的土壤，比如连作三年以上的土壤，土壤营养平衡一般就会被打破，常年使用的就会发生一系列土壤问题，严重危害了作物的质量和产量。
调控环境促进微生物菌剂的增殖——温、光、水、肥、pH；在适宜的温度下施用：一般微生物菌剂在地温为18-25℃时使用较好，此时菌剂中的活菌生命活动较为活跃，低于5℃或高于40℃施用效果较差，因此建议在早上或傍晚施用。尽量不在强光下施用，因为紫外线会对微生物有伤害；一般微生物菌肥较适的土壤相对含水量是60%-70%左右，水分过多或过少都不利于生物菌的生存。这种含水量的土壤，一般手捏成团，扔在地上约有一半散开，手上有湿印和凉感。注意避免在土壤干旱的条件下施用。微生物菌剂是指微生经过工业化生产扩繁，利用多孔的物质作为吸附剂,吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。
选择质量合格，过期不能用。菌肥必须保存在低温（较适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。根据菌种特性，选择使用方法。建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。尽量减少微生物死亡。施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，***、细菌都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。市面上，微生物菌剂通常要比有机肥卖得贵一些，两者有哪些差异，谁更好一些呢？青海便宜微生物菌剂技术指导
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微生物菌剂不要与能够杀死有益菌的物质一同使用，菌剂因为里边含有大量的有益活菌，所以严禁与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些农药或者肥料中的物质会很容易造成菌的失活，导致其失去效果。如果要施用的话，应较少间隔48小时后再用。 微生物菌剂不能随意混合化肥施用。虽然菌可以与化肥、有机肥等混合施用，但是这并不意味着可以随意混合。当化肥中氮磷钾等元素的总含量超过7%时就会在很大程度上***菌的活性。所以化肥与菌肥混用时，我们建议随用随混。如果菌肥中的菌种对化肥有很好的耐受性，可以混合施用。内蒙古功能性微生物菌剂技术指导
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