使用生物菌肥，一是能多施尽量多施，二是要连年施用。
近几年来，生物菌肥的推广力度不断加大，在果园秋季施肥环节中，农资经销商推荐的生物菌肥加大化肥的的配方建议，也越来越得到了大家的认可。生物菌肥的主要成分是有机肥加有益菌。
这两者对改良土壤、提高树体“体质”的作用，是大化肥所不能替代的。土壤改良了，树体“体质”提高了，根腐病、黄叶病、流胶病、小叶病等长期难以**的“慢性”病害就能够得到缓解。
但是，要达到缓解“慢性”病的效果，是需要相当长时间的，不可能很快见效。曾有一位农民，果园根腐病严重，在**建议下开始使用生物菌肥。 那么包装袋上显示的是“XX亿活菌”字样的生物菌呢？毋庸置疑，它是完全具备增殖能力的。广西生物菌肥阶格
土壤有酸碱之分，有机菌肥也有pH值，菌又有***、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥。碱性土壤宜施丝状微生物的***有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助果树利用其他状态存在的氮素养分。
其实土壤中微生物也很多，数量也很**部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响。还能分解有机质和矿物质，释放出营养元素供作物吸收利用。
酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等施在板结透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活。 云南生物菌肥市场报价《农用微生物菌剂GB 20287-2006》是没有有机质、氮磷钾的要求。但是菌含量、杂菌率等质量要求。
微生物菌肥的神奇效果引起了各个层面的高度关注。目前，微生物肥料的应用范围基本涵盖了粮食、蔬菜、果树、中草药、***等各种类型的作物。
农业部全国农技中心技术促进处处长马常宝2016年在《中国微生物肥料产业发展状況》报告中指出，目前中国微生物肥料应用主要集中在三大区域：
一是南方水稻种植区域，2013年应用面积达到4700万亩，用量超过10万吨。
二是大中城市周边区域，该区域多为蔬菜、水果等经济价值较高的种植区域，应用微生物肥料可提高农产品品质，减少土传病害的发生，增加农产品的经济价值。
三是珠三角、长三角的污染耕地区域，正在探索应用微生物肥料***重金属、降低农药用量，保护生态环境的技术方法和措施。
通过上表我们看到，有机物料腐熟剂同为执行《农用微生物菌剂GB20287-2006》的生物菌类产品，此类产品容易与农用微生物菌（肥）剂类产品混淆，注意要分清。此类产品的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)含量为亿个/g或mL，粉剂和颗粒都要求≥0.5亿个/g，而液体要求≥1.0个/mL）；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活），U/g（mL）≥30U，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活），U/g（mL）≥15U。农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月。生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀死部分微生物菌，降低肥效。
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。
更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
《农用微生物菌剂》执行标准中规定：产品按剂型可分为液体、粉剂、颗粒型。贵州**生物菌肥
肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期。广西生物菌肥阶格
另外，相对于孢子来说，活菌的门槛是比较低的，它的生产工艺要求也没有那么高。因为孢子的休眠状态是在包装之前就发生了的，这一工艺在国内还存在着非常大的技术壁垒，目前并没有多少厂家能真正在包装之前使活菌进入休眠状态。
所以大部分生物菌的活菌在包装之前**多就是抽离水分的干燥处理而已，在包装过程中往往还有许多活菌处于活跃状态，它们在包装后的贮存期间必须进行自我休眠，但在这个过程中，活菌会死掉不少。这也是市面上活菌制剂的质量良莠不齐的主要原因之一。
而生物菌肥里的活菌往往在包装之后不能自动休眠，而始终处于活跃状态。一旦贮藏的时间过长，这些活菌基本上都死了，只剩下普通肥料的肥效。 广西生物菌肥阶格
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