慢病毒大规模纯化的捕获步骤包括：膜过滤澄清，随后切向流过滤/超滤或者体积排阻色谱浓缩。此外，需用核酸酶（benzonase或M-SAN HQ中盐核酸酶）来去除细胞残留的、质粒来源的DNA污染。这两个步骤顺序可以调整，依据项目工艺而定。两种工艺路线各有优缺点：先用核酸酶消化的优点是可去除大的DNA片段，且后续步骤可以去除残留核酸酶；但所用的核酸酶的量也非常大。与此相反，将核酸酶步骤后置的优点是大幅降低核酸酶的量(成本降低)；但后面的步骤必须有将核酸酶去除的能力。此外，后期用核酸酶的缺点是核酸污染可能会结合慢病毒颗粒形成沉淀，进而导致慢病毒在纯化中流失，从而影响得率。US FDA指南要求：重组biologics终产品中，核酸杂质含量低于10ng/dose。安徽上海倍笃生物中盐核酸酶70950-160
跟其他类型的核酸酶一样，SAN HQ高盐核酸酶和M-SAN HQ中盐核酸酶的灭活方法有很多，分为可逆灭活及不可逆灭活。金属离子螯合剂如EDTA会可逆抑制两者的活性，加入的EDTA浓度一般是溶液中Mg2+浓度的2倍左右即可完全抑制活性；后续补加过量的Mg2+即可恢复核酸酶活性。加热、还原剂（如DTT）、咪唑、甘油及表面活性剂（如高于15%浓度的Triton X-100、SDS、尿素等）等都可以使其不可逆失活。在生物工艺流程，需要结合上下游应用需要选择合适的方法去除或灭活核酸酶。陕西上海倍笃生物中盐核酸酶70950相比于全能核酸酶，在生理盐条件下M-SAN HQ中盐核酸酶将染色质DNA剪切成更小片段的效率更高。
大多数研究级别的慢病毒是通过批次浓缩而不是粗制剂之后应用的，浓缩基本上是通过两步离心法产生的。在70000g通过超速离心浓缩后的慢病毒再通过蔗糖缓冲(50000g)纯化，然后溶解在配方缓冲液中。一种改进，特别是纯度方面的改进，基于离心/色谱联用的纯化方法。例如，Kutner等评估了组合纯化/浓缩方法。蔗糖缓冲的超速离心结合阴离子交换层析获得了88.2%的收率，而相反的组合则获得了77.6%的收率。在两种方法中，浓缩都超过了100倍，病毒滴度都超过了1010TU/ml(VSV-g包被的慢病毒)。
M-SAN HQ中盐核酸酶发挥酶活性的条件比较广。例如，该酶适宜的盐浓度（NaCl）范围是0mM-225mM，能耐受400mM NaCl浓度。适宜反应温度为20℃-37℃，能耐受4℃-40℃。Mg2+浓度大于0.5mM即可，在4-15mM范围即可表现更高活性。跟其他核酸酶不同，M-SAN HQ中盐核酸酶不是碱性核酸酶，其适宜pH为7.2-8.7，能耐受6.3-8.7。综合这些特点，在生理盐条件下，M-SAN HQ的酶活是传统全能核酸酶的5倍左右。因此，可以说M-SAN HQ是更适合生理盐条件下的核酸酶。生理盐浓度下，M-SAN HQ中盐核酸酶性能优于常用核酸酶，对HCD的去除有些本质区别。
M-SAN HQ中盐核酸酶在生理盐条件下的优势，让其成为生物生产工艺中去除核酸污染的更好选择。经过多年的市场宣传，M-SAN HQ中盐核酸酶品质已得到多个全球TOP CDMOs认可，纳入其工艺开发筛选平台。此外，目前全球有10+临床项目涉及的病毒载体生产用到M-SAN HQ中盐核酸酶。对于同一个项目，用M-SAN HQ替代Benzonase全能核酸酶，酶量减少、HCD去除效果更优、病毒载体产量也有一定程度的提高，酶相关成本降为原有的1/5以内，极大降低了病毒载体生产成本。ArcticZymes精于规模化生产独特特性的酶产品，于2005年在证券交易所上市。陕西等渗条件中盐核酸酶70950
M-SAN HQ中盐核酸酶更适合细胞基因drug（如AAV、LVV、RV及OV等）的生产。安徽上海倍笃生物中盐核酸酶70950-160
除了获得载体的滴度及产量，生产慢病毒更关心的指标主要是各种污染物的去除。总DNA污染的去除百分比在99.1-99.84%，总蛋白污染物的去除百分比在99.85-99.9%。针对宿主细胞的DNA（HCD）及蛋白（HCP），有报道其去除百分比分别为99.8%和99.4%。因为不仅残存的DNA可能是个问题，而且DNA的大小以及由此引起的可能转移整个有功能的开放阅读框也是问题，因此监管机构对残存DNA污染的分子量上限的要求越来越高。例如，FDA的指南‘生产用于传染病适应症的病毒疫苗的细胞基质和其他生物材料的特性和鉴定’中说明，残留的细胞宿主的DNA片段不能超过一个功能基因的长度，估计在200bp左右。安徽上海倍笃生物中盐核酸酶70950-160
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